チャットを除いてメモだけ書き出せますか?

できます。拡張機能では何を含めるかを選べるので、メモだけ、ソースだけ、あるいは全部まとめて、を選べます。

書き出しても引用は残りますか?

残ります。各引用はそれを支える回答に紐づいたままなので、書き出しのあとも主張からソースをたどれます。

取り出せます。ソースだけを書き出せるので、参考文献リストや書誌を組み立てるのに便利です。

NotebookLM では、回答の確かさは背後のソースで決まります。引用こそが、このツールを「調べもの」に使う価値を作っていて、そして手作業でコピーすると真っ先に失われるのがその引用です。このガイドは、書き出すときにメモ・ソース・引用をそのまま保つ話です。

「ソース」「メモ」「引用」は同じように使われることがありますが、別物です:

このうちどれか一つだけが欲しいことも、ぜんぶを一つのファイルで欲しいこともあります。下の方法はどちらにも対応します。

メモはあちこちに散らばっていて、一枚ずつしか開けず、「全部選択」はありません。手作業のコピーは遅く、構造も失われます。

メモは順番どおり、書式を保ったまま一括で出てきます。平らに潰れることはありません。

ソース一覧は、参考文献欄を組むときや、何がノートブックに入っていたかの記録を残したいときに、それ単体でも役立ちます。書き出しに ソース を含めれば、クリックできないスクリーンショットではなく、タイトルとリンクが揃ったきれいな一覧として得られます。

ここが最重要で、コピー&ペーストが壊す部分です。

NotebookLM の回答を文書に貼り付けると、引用マーカーは消えるか、もうどこにもつながらない裸の数字になります。数週間後には、どの主張がどのソースから来たのかわからなくなり、調べものに NotebookLM を使う意味そのものが崩れます。

きちんとした書き出しは、各引用をそれを支える主張のすぐ横に保ちます。書き出されたファイルは、ただの回答の本文ではなく、回答と、その出どころへの帰り道です。自分の文書でその仕事を引用しても安全になるのは、そのおかげです。

たいていのリサーチでは、チャット・メモ・ソースを引用付きで一つのファイルに書き出すのが、いちばん実用的です:

確定した記録を残したいなら PDF。 NotebookLM を PDF に書き出す方法を参照。
編集を続けたり一部を引用したりするなら Word か Markdown。 NotebookLM を Word・Markdown・HTML に書き出すを参照。

ノートブックが表に強く依存しているなら、表は Excel に書き出してください。数字がそのまま扱えます。テキストに変えてしまわずに済みます。

NotebookLM から何が取り出せて、どう使い分けるかという全体像は、NotebookLM からの書き出し方から読むと早いです。